Η Ριζάρειος Εκκλησιαστική Σχολή διαχειρίζεται τα παρακάτω Κεφάλαια Αυτοτελούς Διαχείρισης (Κ.Α.Δ).

1. Δωρεά «Λεωνίδα Γεωργιάδου».
2. Κληρονομία «Αρχιμανδρίτη Γρηγορίου Καλαγάνη εξ Αγιάσσου Λέσβου».
3. Κληρονομία «Αρχιεπισκόπου Νικηφόρου Καλογερά εκ Σπετσών».
4. Δωρεά «Αντωνίου Π. Κομιζοπούλου εκ Φιλιππουπόλεως».
5. Δωρεά «Ηρακλέους Χ. Κότσιφα».
6. Κληροδότημα «Συνταγματάρχου Δημητρίου Ι. Κριεζή  Εξ Ύδρας».
7. Δωρεά «Ιωάννου Λ. Λαμπρίδη εξ Άνω Πεδινών Ζαγορίου».
8. Κληρονομία «Ιωάννου Α. Λόντου».
9. Δωρεά «Αναστασίου (Tάσσου) Β. Μαρτσοπούλου».
10. Δωρεά «Ιωάννη Αχ. Σαραλή εξ Αρίστης Ζαγορίου».
11. Κληροδότημα «Πέτρου Δημ. Στεφανίτση εκ Λευκάδος».
12. Κληροδότημα «Δημητρίου Ν. Στίνη εξ Αθηνών».
13. Κληροδότημα «Σπυρίδωνος Τσέλιου εκ Γλίνας Β. Ηπείρου».
14. Δωρεά «Ιωάννου Σαραλή εξ Αρίστης Ζαγορίου».